Igenus canalitza la seva acció social a través de diferents branques que ofereixen serveis privats i gestió de serveis públics. L'atenció directa a les persones es complementa amb una tasca de fons i permanent destinada a generar coneixement, sensibilitzar i formar a diversos col·lectius per tal de construir una societat més sostenible i solidària. La inserció sociolaboral, la salut mental, el tractament de drogodependències, les mesures penals alternatives, l'atenció a la infància, la cooperació i el desenvolupament, la mediació i la violència familiar i de gènere són algunes de les línies de treball que desenvolupem actualment.
Fundació Igenus té la seva seu central a la ciutat de Barcelona i manté delegacions permanents a Reus (Catalunya), Albacete (Castella-la Manxa), Madrid (Madrid), Santander (Cantàbria) i Zaragoza (Aragó), mentre que a Galícia (Vigo), Extremadura (Badajoz) i País Basc (Bilbao) manté acords de col·laboració amb altres ONG i fundacions locals.
A causa de la seva implicació en el desenvolupament dels Objectius del Mil·lenni, la Fundació Igenus manté iniciatives de cooperació al desenvolupament a Bolívia i Perú (Amèrica Llatina), Xina i Filipines (Àsia) i Senegal (Àfrica).